Dans le batiment Shinra, le professeur Hojo a fait une découverte extraordinaire: la porte vers d'autre monde!
Il envoie immédiatement des cobaye exploré ses univers, mais, il n'en revenait que des créatures étrange dépourvue de coeur. Peut de temps après, alors qu'il étudier un sans coeur dans son laboratoire, un homme avec un long manteau noir fit son apparition. IL se nommait Xemnas, et il acceptait de donner des informations au savant à la seule condition que celui ci face revenir ses membres a la vie ainsi que es ennemis de Sora.
Non seulement Hojo fit revivre les membres de l'organisation, Scar,Jaffar Ursula et autre méchants de disney, mais en plus, il fit revenir le chaos dans d'autre monde avec la réapparition de Sin, de Kuja, mais il fit également revenir des personnes que l'on croyait disparu pour toujours tel que Zack, Génésis...

Les mondes sont en danger, qui pourra les sauver?